Hơn nửa năm sau cái chết của Chiêu Tông, tháng 6 âm lịch năm 1527 Mạc Đăng Dung phế truất Lê Cung Hoàng, lập ra nhà Mạc. Cung Hoàng và mẹ là Trịnh Thị Loan đều bị bức tử; như vậy là Đăng Dung đã giết cả ba mẹ con vua Chiêu Tông.[15] Sáu năm sau (1533), cựu thần nhà Lê là Nguyễn Kim lập Lê Ninh tại Ai Lao, tức là Lê Trang Tông, tái lập nhà Hậu Lê.

Sử sách ghi Trang Tông là con của Chiêu Tông, sinh năm 1515. Điều đó khiến các nhà nghiên cứu nghi ngờ vì khoảng cách giữa Chiêu Tông và Trang Tông quá ngắn, chỉ có 8 năm. Nhà Mạc, trong biểu tâu nhà Minh, phân trần về việc này cũng nói rằng: Nguyễn Kim dựng con mình lên ngôi, nói dối là con của vua Chiêu Tông.

Sử sách chép về cuộc đời Chiêu Tông cũng có mâu thuẫn. Đại Việt Sử ký Toàn thư ghi Chiêu Tông sinh ngày 4 tháng 10 năm Đoan Khánh thứ 2 đời Lê Uy Mục, tức năm 1506[1], nhưng khi ông được đưa lên ngôi năm 1516, đáng lý ghi "lên 11 tuổi" lại ghi "lên 14 tuổi" và khi ông bị hại năm 1526, đáng lý phải ghi: "thọ 21 tuổi" thì lại ghi "thọ 26 tuổi" (nếu làm phép suy ngược thì Chiêu Tông có 3 năm sinh khác nhau: 1506, 1503, 1501). Phải chăng việc "hợp thức hoá" cho quan hệ cha - con của Chiêu Tông - Trang Tông chưa được kín kẽ?